Los comandos a continuacion sirven para trabajan con archivos *.den obtenidos de NEURO3d de la siguiente manera: se carga el *.lum, con su *.d3d correspondiente (lo que quiere decir que los cortes de la secuencia estan apareados y por lo tanto pueden ser reconstruidos y visualizados tridimensionalmente), a continuacion se elije en Herramientas, visualizacion 3d, y una vez corriendo VPRENDER (ese es el programa asociado a las capacidades de visualizacion 3d de Neuro3d), se elige salvar el archivo *.den.

Una vez hecho esto las funciones a continuacion descriptas con algo de detalle permiten :
 
 

•  visualizar los *.den mediante VTK.

•  visualizar los cortes en una direccion dada (paralela a los lados del prisma) del volumen de datos en ese *.den

•  obtener un archivo*.vtk (StructuredPoints), con la misma o inferior resolucion que el *.den  original, el cual despues se puede levantar en forma estandar usando la interfaz tcl/tk del VTK, y procesarlo, visualizarlo etc.)

•  a su vez hay disponible un comando (vtkSP_reader) que permite visualizar el *.vtk generado como recien se comento, y admite parametros de suavizado y de selecion de nivel de brillo asociado a un tejido particular.

•  den2vtk <arch.den> <arch.vtk>

este permite ademas decimar los datos en factor que el ejecutable requiere.

•  denViewer <arch.den>

 requiere factor de decimacion (para limitar el tamaño de los datos vtk y con ello el tiempo de render), ademas requiere el ingreso del nivel que   se quiere visualizar

•  denCortes <arch.den>

permite visualizar (previa uniformizacion del histograma), un rango de  cortes en una direccion   paralela a los lados del prisma de datos, o sea es necesario ingresarle el intervalo de cortes que se desa visualizar.

•  denCortesGui

 permite visualizar los cortes de una archivo *.den, ademas de presentar una interfaz grafica para la interaccion con el usuario. Con este comando es posible explorar los niveles de gris que forman cada corte y por lo tanto en archivos *.den que son a niveles de gris (como  los generados por el visualizador 3d de Neuro3D); el conocimiento de estos niveles de gris permite la visualizacion de diferentes cuerpos que estan representados dentro de un mismo archivo, mediante el comando que a continuacion se describe.

•  variosCuerpos

permite visualizar mediante VTK, un archivo Structured Points *.vtk, obtenido del .den con el comando den2vtk, en el cual hay varios cuerpos. Se puede elegir el numero de cuerpos que se quiera, y para cada nuo de ellos se debe especificar el nivel de gris que lo define asi como el vector RGB que se usara para el Rendering.

•  vtkSP_reader <arch.vtk>

 permite visualizar con vtk, un arhcivo en formato vtk/StructuredPoints precisa como entradas, un nivel entorno al cual hara una umbralizacion: si th es ese nivel, a todos los voxels con niveles de gris entre th-5 y th+5 los llevara a 255 y a todos los demas a 0; la desviacion estandar  de un filtro gaussiano suavizador y el nivel de gris que se desa  visualizar (para el marching cubes).